Идея в целом неплохая, но в твоём случае маркеры просто отключатся. Сделать их прозрачными можно через цвет 0x000000FF, к примеру. Добавил в скрипт несколько цветов: чёрный, прозрачный, отключенный. Сделал небольшие поправки в других местах (несущественные) и перезалил на сайт. Если кто желает может скачать эту версию здесь.