Была идея схожая, хотел толкнуть разрабу лаунчера, но толкну сюда - тут больше шансов на реализацию.
После обновления игры с восстановлением файлов - сохранять JSON файл, по которому лаунчер обновлял игру. При следующих обновлениях проверять изменения игры по этому файлу - если изменения есть, то проверять файлы игры по сохраненному JSON для проверки наличия модификаций в измененных файлах. Если файлы из обновления были модифицированы на клиент - выдать игроку диалог с предупреждением, что обнова их перезапишет. И уже в этом диалоге дать возможность отказаться от обновления.
Игра будет корректно обновляться, игроку не надо будет дрочить переключатель и можно будет заменять файлы
