если в папке нет подпапок и файлов не МИЛЛИАРД, тогда можешь сделать через GitHub API.
делаешь запрос к своей директории через GitHub API, в ответе получаешь JSON в котором будет следующая инфа для каждого файла: название файла, путь, размер и прямая ссылка на него. затем просто перебираешь ответ и качаешь каждый файл.
Use the REST API to create, modify, and delete Base64 encoded content in a repository.
docs.github.com