если моды не кривые и твои руки не кривые, то ничего не перестанет работать
разницы в установлении модов не вижу если ты играешь не на ноутбуке без видеокарты. модлоадером устанавливать быстрее и можно быстро менять файлы, файлы в gta3.img потом хуй сменишь на другие ( например, если поставил деревья и потом захотел поставить другие деревья, по любому какие то файлы будут конфликтовать и показывать белые деревья )
если ты вдруг играешь на ноуте без видеокарты, то да, лучше заменяй в gta3.img, меньше нагрузки на ноут твой будет