MagicTXD - редактирование текстур (txd файлов), достаёшь текстуру, рисуешь пенис в пэинте, засовываешь обратно.
IMG Tool - извлечение img архивов, тебе будет нужен
models/peds.img - скины хранятся там.
Modloader в лаунчер встроен и со скинами работает адекватно, получившийся txd просто засунь туда как любой другой мод, в отдельную папочку.
Для редактирования скинов подойдёт
Blender с плагином
DragonFF, но "простой" программой это не назовёшь - как ни крути, придётся вникать в 3Д-моделирование и смотреть туториалы по 10 видеоуроков. Или записаться на курсы.