На Windows решил это тем, что в качестве генератора начал использовать Ninja, вместо генератора визуалки. Теперь clangd и clang-tidy спокойно работают с проектами, где нужен MSVC (а в реалиях гта это особенно актуально)
CompileFlags:
CompilationDatabase: build-release
Compiler: cl.exe...