Честно говоря не знаю можно-ли как-то подменить на чистый файл и обмануть вирустотал.
Но смотри - я закомпилировал через auto-py-to-exe сейчас свой лоадер итог -
Все антивирусы которые "задетектили" как плохую программу. - НоуНеймы.
Только майкрософт не нн, и то -без манипуляции компьютером -...